北京阜外医院心内科由心力衰竭诊治中心、高血压诊治中心、心律失常诊治中心、冠心病诊治中心、肺血管病诊治中心等中心组成。

　　北京阜外医院心力衰竭诊治中心，以促进心力衰竭的医、教、研工作的发展，首任中心主任由阜外医院副院长，心内科主任，中国著名心内科专家杨跃进教授兼任。至今已收治各种病因的重症心力衰竭患者约2500例。心力衰竭诊治中心，坚持以心力衰竭规范化的诊治为中心（一个中心）；以指导人才培养和药物临床试验两大开放式平台（两大平台）为导向；以建立多学科协作、新技术应用和内、外科桥梁为理念（三大理念）；以促进心力衰竭的医、教、研和防四大工作一体综合发展为目标（四大目标）。 
    北京  北京阜外医院高血压诊疗中心由本院高血压研究室于2003年更名，现包括研究部门和病房两部分，有教授、副教授10名。北京阜外医院心内科高血压诊疗中心目前已成为临床、教学、科研齐全，国内权威性专业组之一。
    北京阜外医院肺血管病诊治中心成立于2003年4月，其前身是成立于1972年的肺心病研究室及1997年曾更名的心脏肺循环研究室。肺血管病诊治中心是北京阜外医院心内科学范畴的直接隶属于院所领导下的临床诊疗中心，设有肺血管病专科门诊和专科病房（五病区），现有特聘著名专家1名、教授（主任医师）2名、副教授（副主任医师）2名、中心秘书1名，其中博士生导师1名、硕士生导师2名。北京阜外医院心内科肺血管病诊治中心不仅诊治各种心血管内科疾病，更以其收治各种肺血管疾病如肺栓塞、肺动脉高压、右心疾病等方面的独特之处而闻名于全国。
    北京阜外医院冠心病研究室创立于1978年，我国著名心脏病学专家陶寿淇、陈在嘉和徐义枢教授分别担任前三任室主任，现任主任为陈纪林教授。冠心病研究室是集科研、临床和教学为一体的临床研究室，2003年更名为冠心病诊断治疗中心，目前有教授（主任医师）8名，其中1名工程院院士，副主任医师8名，本中心培养的主治医师7名，在院就读博士研究生18名，硕士生11名。
    北京阜外医院心律失常诊治中心的前身是阜外医院临床电生理研究室。它是我国心律失常领域唯一的专门研究机构和临床诊疗中心。在过去的20余年中，研究室在历届院所领导的大力支持下为我国的心律失常、心脏电生理的研究及临床工作做出了突出贡献，创造了该方面我国多项记录。目前以年介入治疗心律失常患者过千例成为我国乃至亚洲最大的心律失常介入治疗中心，也是国际知名的心律失常研究中心之一。